O MySQL é tratado por upstart. No 11.04 você pode usar o novo recurso de substituição para modificar o comportamento inicial:
echo "manual" >> /etc/init/mysql.override
Veja a seção "Desabilitando um trabalho de iniciar automaticamente" no Cookbook Upstart
O Apache ainda usa scripts tradicionais de inicialização do SysV para você usar
update-rc.d -f apache2 remove
para remover os links de /etc/rcX.d
ou, alternativamente, usar
update-rc.d apache2 disable
que "desativa" o script alterando-o de um script de início S91apache2
para um script de parada K09apache2
. Isso é reversível por update-rc.d apache2 enable
.