Em última análise, como você provavelmente descobriu, isso não é possível (sem alguma invasão séria). Aplicações de vinhos são executadas em uma espécie de sandbox, e não seria possível fazer isso (de outra forma)
A solução é não fazer isso - Qualquer que seja a aplicação que você esteja executando via wine, é bem provável que haja um bom nativo do Linux alternativa para .
Pode haver alguma curva de aprendizado para aprender o aplicativo alternativo, mas no final, geralmente é tão recompensador quanto usar o gedit em vez do bloco de notas.