Eu tive o mesmo problema com o Ubuntu Server com poucos recursos alguns dias atrás.
De alguma forma, vamos diagnosticar esse problema.
Otimize o Ubuntu para um melhor desempenho
Use os seguintes passos:
1.Tente o seguinte comando para ver o processo realizado pelos usuários.
$ top
2.Tente limpar o cache
Todo sistema Linux tem três opções para limpar o cache sem interromper nenhum processo ou serviço.
$ sudo su
Limpar apenas o PageCache.
# sync; echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches
Dentaduras e inodes claros.
# sync; echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches
Limpar o PageCache, dentries e inodes.
# sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
3.Stopping Auto Update
O último é parar as atualizações automáticas do Ubuntu, se feito isso o Ubuntu não será capaz de executar a atualização manualmente também ( apt-get upgrade ). Você precisa reverter isso para atualização manual.
cd /etc/apt
ls # you will find the sources.list file
cp sources.list sources.list.bak # taking backup of file
sudo nano sources.list
Adicione # a todas as fontes do Ubuntu.
Isso desativará permanentemente a atualização automática se você precisar atualizar o Ubuntu. O processo acima deve ser revertido.
Todos os comandos acima podem ser executados em um único comando também.
cd /etc/apt && sudo cp sources.list sources.list.bak && sudo sed -i -e 's/^/#/g' sources.list
Estas são as melhores formas de otimizar o Ubuntu.