Sugiro criar um diretório em /mnt .
Suponha que você tenha preparado scripts de backup que copiem seus dados para /mnt/backups e um dia você queira fazer backup para uma unidade externa; então tudo que você precisa fazer é montar essa unidade em /mnt/backups (adicionar uma linha a /etc/fstab ) e todos os seus scripts de backup continuarão funcionando.
Além disso, não consigo pensar em nenhum diretório sendo realmente mais seguro do que outros, desde que você use um subdiretório dedicado para fazer o backup. Bem, /tmp não seria uma boa ideia. Mas por outro lado, considerações de espaço (se você espalhou seu SO por mais de uma partição) ou permissões são mais importantes.