Não, isso não é possível.
Os 2 sistemas são fundamentalmente diferentes e o conteúdo de ambos os instaladores não é o mesmo.
Eu tenho o MATLAB R2015a instalado no meu Windows 10. Recentemente, recebi a configuração do Linux de um amigo para instalar o MATLAB no Ubuntu, que acabou sendo a versão do R2011a. Eu queria saber se a mesma configuração de 2015a que tenho no meu Windows pode ser usada para instalar o MATLAB no Ubuntu também. Nesse caso, eu ficaria feliz em descartar o instalador 2011a.
Não, isso não é possível.
Os 2 sistemas são fundamentalmente diferentes e o conteúdo de ambos os instaladores não é o mesmo.