Em seu comando, * será expandido para qualquer tipo de arquivo no diretório "src", o que significa todos eles (mesmo diretórios), com *.xhtml você só pode direcionar arquivos com .xhtml extensões.
rsync -av --existing web/src/main/webapp/com/*.xhtml web/target/project/com/
Com esse comando, somente os arquivos com extensão xhtml em web/target/project/com/ serão atualizados.