Eu percebi isso. A ferramenta de linha de comando é xrandr. O primeiro passo é imprimir todas as telas no sistema executando o comando:
xrandr
Em seguida, quando sabemos quais são os nomes, podemos ajustar as configurações. No meu caso, foi algo assim:
xrandr --output DVI-I-1 --primary --right-of VGA-1
Ele configura o DVI-I-1 como monitor principal e "move-o" para o lado direito do monitor VGA-1.