Você precisa ter dois aplicativos: xev e xmodmap, ambos são commandline-tool.
Execute o xev. Em seguida, pressione a tecla cujo comportamento você deseja alterar. ou seja, digite. e então xev
produzirá alguma informação sobre a tecla pressionada. Preste atenção na terceira linha. Deveria ser assim:
state 0x10, keycode 110 (keysym 0xff55, Prior), same_screen YES,
Neste exemplo, Prior é o nome do comportamento ao qual a chave é atribuída no momento, o código numérico é o ID interno para reconhecer a chave. Agora faça isso com outra chave, ou seja, PgDown dê essa saída
state 0x10, keycode 115 (keysym 0xff56, Next), same_screen YES,
Aqui, novamente, a parte interessante para nós é o código de acesso 115 e o Next. Agora, quando você quiser trocar as duas chaves, use xmodmap.
xmodmap -e "keycode 110 = Next"
Isso altera a chave com o código de tecla 110 no teclado para a ação Próximo. É bem simples.