Eu tive o mesmo problema, com a mesma placa-mãe (Asus Prime B250M-Plus). Eu tentei rodar o Ubuntu 16.04 LTS (Gnome), o Ubuntu-Mate 16.04 LTS (MATE) e o Xubuntu 16.04 LTS (xfce), e tive o mesmo problema com todos.
Isso só acontece quando o VGA está conectado. Aparentemente, a placa-mãe cria um monitor fantasma (chamado Laptop eDP-1) como monitor primário, e o monitor real é definido como secundário. Todos os Menus e outras coisas são invisíveis no monitor principal, enquanto o monitor secundário tem apenas a imagem de fundo.
Este problema não existe quando apenas o HDMI está conectado.
Para contornar isso você pode pressionar Ctrl + Alt + T quando você vê o ponteiro do mouse para abrir o terminal em seu monitor real e digite:
mate-display-properties
para abrir Preferências de exibição . Lá você pode desativar o monitor fantasma.
No GNOME, use gnome-control-center display
.