Escreva um script simples como
cd ~/Downloads
mv *.mp3 ~/Uploads/.
Este script moverá todos os arquivos com uma extensão .mp3 da pasta atual para a pasta especificada. Você poderia colocá-lo em um arquivo como movemp3.sh
e depois executá-lo quando você baixasse o material.
Se estiver usando o Deluge, veja a página link para um plug-in simples que permitirá a execução de scripts em eventos. Especificamente, olhe para o evento chamado "Torrent Complete". Isso deve lhe dar a funcionalidade que você procura. Note que você terá que fazer uma pesquisa similar e encontrar plugins relevantes para outros programas.