Em Preferências Editar > do Banshee, selecione a guia "Específico da fonte" e, em "Origem", selecione "CDs de áudio". Em "Input Format" você deve ser capaz de selecionar "Free Lossless Audio Codec (FLAC)".
Nota: você precisará do libflac8 pacote instalado, mas isso deve ser instalado por padrão no Ubuntu como parte do GStreamer" bom " plugins ( gstreamer0.10-plugins-good ).