Eu tive o mesmo problema depois de reinstalar meu sistema operacional (Debian 9, Gnome 3.22.2). O que resolveu foi brincar com o Gnome Tweak (Tool) . Como eu não fiz isso com "rigor científico", eu só posso imaginar que estava desligando e na opção de ter ícones exibidos na área de trabalho ou ativando a hibernação quando a tampa do meu laptop está fechada, que automaticamente define um programa para carregar na inicialização e, portanto, pode apenas fazer parecer que o problema está resolvido.