Eu tive a mesma situação que a sua. e fiz o seguinte:
- Instale o Ubuntu 16.04 na unidade flash USB (considere o USB como se fosse o disco rígido).
- Inicialize a partir do USB.
- Faça as alterações desejadas. (Instalando pacotes e alterando configurações.)
- Inicialize de volta no sistema original (não no USB).
- Faça backup da unidade flash USB criando uma imagem ISO inicializável a partir de USB.
Além disso, verifique para this