Acho que você deve usar o hdajackretask para substituir o que cada entrada faz.
Você pode fazer isso instalando alsa-tools-gui e brincando com a funcionalidade de seus conectores.
sudo apt-get install alsa-tools-gui
hdajackretask
Você pode configurar seus pins para fazer o que quiser e depois clicar em aplicar agora. Se funcionar da maneira que você quiser, você pode simplesmente clicar em Instalar substituição de inicialização e assim permanecerá.