Primeiro, examine as partições em gparted ou outra ferramenta. Se a partição do Windows desaparecer, você terá que reinstalar completamente o Windows.
Minha experiência tem sido que é muito mais fácil instalar o Linux depois que o Windows foi instalado, porque fazendo o inverso, instalar o Windows em uma distribuição Linux provavelmente irá danificá-lo.
Portanto, faça o seguinte:
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Faça o backup do HDD antes de fazer qualquer outra coisa. Se surgirem problemas, você poderá reverter para uma boa instalação conhecida.
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Reparticione conforme necessário para o Windows.
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Instale o Windows e verifique se ele funciona.
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Crie partições para Linux seguindo um guia completo, passo-a-passo.
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Instale o Linux para inicialização dupla com o Windows. Isso deve levar apenas alguns minutos, ao contrário das horas necessárias para uma instalação do Windows 10, por exemplo.
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Se o seu backup do Linux na etapa 1. for legível, você poderá restaurar alguns arquivos dele. Tenha cuidado para não sobrescrever arquivos do sistema, a menos que você tenha mais experiência.