O comando join
faz quase o que você precisa, se os arquivos forem classificados como em suas amostras:
join -12 -a2 file1 file2 -o2.1,2.2,1.1
Você só precisa adicionar os zeros às linhas sem correspondência. Você pode usar a opção -e
para isso:
join -12 -a2 file1 file2 -o2.1,2.2,1.1 -e0