Eu confirmo este comportamento em um Aspire E1 rodando o Xenial 4.4.0-104-genérico com placas FAT32 de alta capacidade (64GB). Aqueles não vão montar com
sudo mount -o rw,user,uid=1000,umask=007 /dev/mmcblk0 /media/user
e gparted
mostram um espaço não alocado.
Às vezes
sudo apt-get install --reinstall udisks2
funciona, mas não todas as vezes.