usando a api da linha de comando gsettings, você deve ser capaz de acessar Ou seja, estes comandos da linha de comando receberão os valores atuais
$ gsettings get org.gnome.desktop.peripherals.mouse natural-scroll
Isso retorna false para mim.
para touchpad
$ gsettings get org.gnome.desktop.peripherals.touchpad natural-scroll
Em seguida, para alterar, altere o argumento get para set e passe um valor no final, por exemplo,
$ gsettings set org.gnome.desktop.peripherals.touchpad natural-scroll true
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e, obviamente, repita o processo para o mouse, se você quiser mudar isso também.