Você precisará combinar a resposta de Como bloquear a tela de um terminal? e Como eu executo uma aplicação gráfica em um servidor remoto quando logado através do SSH? O primeiro fornece vários comandos que bloquearão a sessão atual, mas todos eles assumem que eles é executado a partir de dentro dessa sessão. O último explica como executar um programa no contexto de uma sessão diferente definindo uma variável de ambiente para o endereço do servidor de exibição que executa a sessão. Exemplo:
DISPLAY=:0 dbus-send --print-reply --session --type=method_call --dest=org.gnome.ScreenSaver /org/gnome/ScreenSaver org.gnome.ScreenSaver.Lock