Acabei de resolver este problema no Ubuntu 18.04 com o Desdobramento Natural e a desativação novamente. Caminho é Configurações > Dispositivos > Mouse e touchpad > Rolagem natural.
Minha roda de mouse sem fio Mircosoft não é reconhecida pelo sistema. Eu tentei xev para verificar se é apenas um problema de configuração, mas não happing nada também ... Clicando com ele funciona, mas não rolando. Estou usando o Ubuntu 17.04 Gnome e o Unity 7, mas tive o mesmo problema também em 16.10
Acabei de resolver este problema no Ubuntu 18.04 com o Desdobramento Natural e a desativação novamente. Caminho é Configurações > Dispositivos > Mouse e touchpad > Rolagem natural.