Acho que a parte principal da sua pergunta que é importante é
Eu só vou usá-lo em duas máquinas Ubuntu.
Eu enfrentei o mesmo dilema que você e escolhi o EXT4. As principais razões que escolhi EXT4 são: 1) EXT4 preservará minhas permissões de arquivo e 2) EXT4 gerencia melhor o armazenamento dos dados (por exemplo, não precisa ser constantemente desfragmentado e "coddled" como o NTFS faz). O EXT4 é um sistema de arquivos mais auto-suficiente que o NTFS.
O único ponto negativo no uso do EXT4 é que você não poderá acessar os dados nele por meio de uma máquina Windows. Mas como você disse na sua pergunta, isso não será um problema, porque você está usando apenas máquinas Ubuntu.
IMHO, a única razão para usar o NTFS é se você precisa acessar o sistema de arquivos com o Windows. Caso contrário, o NTFS é realmente um sistema de arquivos inferior.