Se estiver após a instalação, você pode usar debsums com cada pacote que foi instalado para ter os arquivos contidos nos pacotes.
Se você quiser saber antes de instalá-los, não sei como fazê-lo "facilmente".
Deve ser possível determinar quais são os pacotes que serão instalados, então faça um apt-get download <packages> e execute debsums em cada um desses pacotes.
Outra solução poderia ser a versão controlar os diretórios que você deseja monitorar e após cada instalação, confirme as alterações para ver claramente quais alterações foram feitas.
Veja etckeeper para obter uma solução integrada de um controle de versão do diretório /etc