Você pode executá-lo na inicialização, adicionando-o em aplicativos de inicialização. Abra os aplicativos de inicialização do painel. Clique em "Adicionar" e coloque xmodmap -e "keycode 112 = Delete"
no campo "Comando". Dê um nome e comentário se quiser. Clique em "Adicionar" e faça o login novamente.