Ok, a solução para esse problema é que o Firefox não permite mais importar certificados de servidor, ele faz isso por conta própria, on-line, o Firefox tem seu próprio método para verificar a validade e a veracidade de um servidor.
De qualquer forma, consegui que meu leitor de cartão funcionasse e que os certificados fossem aceitos apenas com a instalação do certificado da Autoridade, sem a necessidade de instalar um certificado do servidor. Possivelmente, o que era necessário era uma reinicialização do Firefox ou possivelmente uma reinicialização do computador.