Esse problema pode ser que seu arquivo .msf4/database.yml pertence a outro usuário (provavelmente root, você executou o metasploit como root antes?)
Você pode verificar a propriedade com ls -l ~/.msf4 .
Se você quiser alterá-lo, execute chown -R $(whoami) ~/.msf4 (suponha que você tenha efetuado login como jackattack )