se você quiser que a segunda unidade seja inicializável, ela precisa ter uma partição efi. No entanto, não é necessário se você inicializar apenas a partir da primeira unidade. O Grub suporta totalmente a inicialização dupla com o Windows, mas algumas máquinas fazem alguns ajustes (para mover alguns arquivos ao redor) para evitar que o Windows volte ao primeiro slot de inicialização.
PS: Eu faria os dois discos inicializáveis. Dessa forma, se algo acontecer ao disco um, você ainda pode inicializar a partir do disco dois para fazer reparos. Basta instalar o grub na partição efi de ambos os discos.