Acabei de tentar instalar o Ubuntu 16.10 na minha unidade externa pelo menos 10 vezes. Eu tinha o arquivo ISO em um USB e inicializá-lo e aperte "Try Ubuntu". Depois disso, conectei-me à internet e instalei o Ubuntu. Eu particionaria 10000 MB para uma área de troca no HDD ext, e o restante da unidade particionaria para um ext4 primário atribuído à raiz da unidade. No entanto, toda vez que eu fiz isso, eu estaria aparentemente fora do Ubuntu, conforme descrito acima.
Acaba que a melhor resposta foi a mais fácil. Enquanto eu estava usando o Ubuntu 16.10, percebi que o Ubuntu 17.04 é a versão mais recente lançada e 16.10 estaria expirando em julho. Então, eu tento instalar o 17.04 - configurando o drive como descrito acima -, e ele funcionou com cores voadores! Apenas lembre-se de ejetar seu hardware com segurança após o uso.
Espero que isso ajude quaisquer outros noobs do Ubuntu que encontrem um problema semelhante.