Isso estava me incomodando há algum tempo. No meu Lenovo Yoga 3 Pro, o touchpad costumava parar de vez em quando, e depois de alguns minutos ele estava se tornando responsivo novamente. Mas há alguns dias ele parou e não iria começar a funcionar, então eu tive que começar a usar o mouse externo. xinput list também não o listou.
Estou atualizando diariamente meu sistema, portanto, é possível que alguns pacotes não funcionem corretamente, por isso fiz isso:
sudo apt autoremove
e reiniciado e estava funcionando novamente.