O Suporte NVME foi adicionado ao smartmontools a partir da versão 6.5. Por favor, observe que atualmente o suporte ao NVMe é considerado experimental.
Você pode verificar sua versão atual com o comando apt-cache policy smartmontools
A versão mais recente do 16.04 LTS nos repositórios ATM é 6.4+ svn4214-1 que não possui esse recurso. No entanto, parece que as versões disponíveis para artful, biônico e cósmico têm . Pacotes mais recentes podem ser encontrados aqui. Como alternativa, você pode instale a partir do código-fonte ou tente um build diário.
Para mais detalhes sobre o status do suporte a NVMe em smartmontools check o wiki.
Informações sobre suporte a USB SMART em smartmontools podem ser encontradas aqui