Com base na captura de tela, parece que os arquivos estão realmente sendo exibidos. É só que eles têm a mesma cor que o fundo, então você não os vê.
Algumas soluções:
1) ( recomendado ) Altere o esquema de cores: Certifique-se de que nada compartilhe a mesma cor do plano de fundo abrindo um terminal e vá para Edit > Profile Preferences > Colors tab.
-OU -
2) Altere sua cor de fundo: Siga as instruções de (1).
-OU -
3) Pare ls da impressão em cores diferentes: Acesse o arquivo ~/.bashrc e localize a linha que diz alias ls='ls --color=auto' . Comente-o digitando # na frente dele.