OSError: [Errno 2] Nenhum arquivo ou diretório no juncBASE

Question

Eu sou novo em python e quero fazer o splicing de descoberta alternativa por juncBase, mas na primeira etapa do Manual do juncBase eu tenho um erro:

sabah@sabah-virtual-machine:~/juncBase/juncBASE_v0.6 $ python2.7 runCufflinks.py -i IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt --txt_ref UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf --out_dir /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out --num_processes 2
cufflinks -o /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out/kidney_cufflinks -g UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf -u kidney.bam
Traceback (most recent call last):
  File "runCufflinks.py", line 242, in <module>
    if __name__ == "__main__": main()
  File "runCufflinks.py", line 201, in main
    Popen(cmd, shell=True, executable=SHELL)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

Você pode me ajudar? Quando eu digitei python2.7 runCufflinks.py , os argumentos desse comando são mostrados.

    

Answer 1

O Python não consegue encontrar um arquivo mencionado. Analisando o código-fonte e o manual , ele menciona isto:

You may need to modify this file [IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt] to specify the full path of the bam files

Portanto, no seu caso, você pode não ter baixado os arquivos de teste ou precisar editar o IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt para se parecer com isso:

kidney  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/kidney.bam
breast  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/breast.bam
adrenal /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/adrenal.bam
colon   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/colon.bam
lung    /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/lung.bam
liver   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/liver.bam