Uma possibilidade é uma falha pouco conhecida em 16.04 que produz um efeito semelhante ao que você descreve. Esta falha é ativada movendo arquivos de um diretório que possui um ícone de link físico na área de trabalho.
A "correção" mais comum para essa falha é simplesmente:
(1) feche ou minimize todas as janelas [Alt + F4 para fechar individualmente; Ctrl + Super + D para minimizar todas as janelas simultaneamente];
(2) pressione e segure a tecla Super até que seu lançador exiba números no topo de seus ícones;
(3) solte a tecla Super
Se esse problema específico for responsável, os ícones da área de trabalho deverão se tornar visíveis imediatamente. NOTA: Esta não é uma resolução permanente, mas funcionará da mesma maneira sempre que for usada.