O Jackd normalmente não substitui o ALSA. O Jackd geralmente usa o ALSA para fornecer sua saída. O que o Jackd oferece é uma rede de roteamento / encaminhamento de áudio de baixa latência que outro software pode usar. Apenas o software projetado para usar o Jackd usará o JackD. O Jackd só precisa ser executado quando você estiver executando o software que o utiliza (por exemplo, Arddor, Rosegarden, Jack-rack). Quando você não está executando um programa que usa o jackd, você não precisa executar o jackd.
O melhor programa que encontrei para controlar o jackd é o qjackctl, que pode ser instalado através do Ubuntu Software Center como Jack Control. Permite iniciar / parar o jackd, configurar como é executado e configurar conexões.
Para obter a menor latência possível, o jackd realmente gostaria de usar threads de prioridade em tempo real. Permitir o processamento em tempo real para o jackd é uma boa coisa a fazer e não deve prejudicar o seu sistema. (A máquina que eu estou digitando agora já está habilitada há 4 anos com 2 distribuições diferentes do Linux e duas encarnações de hardware diferentes, sem travas.)
BTW, uma vez que você começa a usar alguns dos recursos do jackd, fica bastante viciante. Ao iniciar diferentes racks de efeitos (instâncias de jack-rack) e configurar as conexões, posso fazer uma gravação em estéreo e criar uma saída 4.2 em tempo real, onde tenho diferentes atrasos de reverb / delay para os alto-falantes traseiros, um centro personalizado mix de canais e uma saída de sub-woofers. (Eu ainda estou tentando encontrar um bom dobrador de oitava para isso.)