Eu tenho uma placa-mãe que pode estar relacionada à sua - MSI A88X-G43 - e tem sido problemático no momento da inicialização. Cerca de metade do tempo, ele reinicia, como você descreve, em algum momento logo após começar a executar o código inicial do disco RAM (initrd). Eu ainda tenho que diagnosticar completamente o problema; geralmente é mais fácil tentar reinicializar várias vezes até obter uma inicialização sólida. Depois disso, a máquina fica estável. (É um backend e frontend do MythTV , por isso ele permanece ativo por vários dias e, muitas vezes, por meses.)
Quando eu obtive este sistema, ele inicializou o Fedora com segurança; mas eu estava substituindo uma placa-mãe mais antiga e já tinha uma instalação do Mythbuntu nos meus discos e por isso não queria reinstalar completamente uma nova distribuição. Eu descobri que era confiável inicializar um kernel da série 3.12 que eu mesmo compilei (o Ubuntu 14.04 que eu estava rodando usava um kernel da série 3.13), então usei meu kernel localmente compilado por um tempo e esperei que o problema acabasse fixo. (Eu arquivei um relatório de erros, mas não foi levado a sério.) O problema variou em gravidade - ou talvez seja apenas aleatoriedade no trabalho.
Se você tiver um problema parecido, tente outra distribuição ou tente reinicializar várias vezes na esperança de obter uma inicialização simples. Se o cenário de uso pretendido envolver reinicializações freqüentes, o último não é, obviamente, uma boa solução.
É concebível que exista uma opção de kernel em tempo de inicialização que você poderia passar por meio do GRUB (ou qualquer outro gerenciador de inicialização usado) que possa ajudar; no entanto, não tenho sugestões de coisas para experimentar. Minha suspeita é que o problema é causado, ou pelo menos disparado, por algo no arquivo initrd, não no próprio kernel.
Se a placa-mãe é nova, pode valer a pena considerar devolvê-la para outra de outra marca. (FWIW, eu tenho uma placa-mãe ASRock com o mesmo modelo de CPU AMD A10-6700 que está na minha placa MSI, e a ASRock nunca exibiu problemas de inicialização.)
Desculpe por não ter nada mais definitivo. Não posso nem ter certeza de que seu problema é o mesmo que o meu, mas achei que minha experiência poderia ser útil.