Em aplicativos de inicialização, clique no aplicativo que você não deseja abrir na inicialização e, em seguida, clique no botão Remover à direita. Isso não desinstala o aplicativo, apenas desativa a abertura do aplicativo na inicialização. Em alternativa, você pode desmarcar o chekbox à esquerda do nome do aplicativo, ele também funciona e você pode reativar o aplicativo na inicialização sempre que quiser facilmente.
Editar: se o Plent dident aparecer no aplicativo de inicialização, tente:
cd /etc/xdg/autostart/
sudo sed --in-place 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' *.desktop
Ele deve mostrar todos os deamons na inicialização, e também o do sistema.
Editar2: com MATE Tweak vá para interface- > pannels e na primeira seleção você deve ter selecionado Cupertino que tem plank por padrão, agora selecione MATE e plank deve desaparecer