Esta resposta não aborda diretamente o ponto principal da questão, mas sim uma questão em um comentário; especificamente:
% bl0ck_qu0te% Alguns usuários gostam de isolar dois SOs em um ambiente de inicialização dupla, como você fez, cada um em seu próprio disco rígido. A ideia é que, ao fazê-lo, um sistema operacional é menos provável de causar danos ao outro; no entanto, no seu caso, você está acessando a instalação principal do Windows (a unidade C: no Windows) do Ubuntu. Isso significa que o Ubuntu pode modificar esse disco; na verdade, o próprio ato de montar o disco do Windows o modifica (de maneira pequena). Esse acesso não é apenas acesso aos arquivos em si, mas às estruturas de dados que definem quais são os arquivos. Isso é particularmente problemático para o NTFS, porque é um sistema de arquivos proprietário para o qual uma especificação pública não existe, AFAIK; os drivers do Linux são baseados em engenharia reversa. Na prática, os drivers do Linux funcionam muito bem, mas sempre há uma chance de que eles estejam fazendo algo sutilmente errado, o que poderia estragar todo o sistema de arquivos.
Existe também o fato de que o Linux e o Windows têm modelos de segurança muito diferentes. Assim, arquivos que o Windows protege contra danos através de seu sistema de segurança estão disponíveis gratuitamente para usuários comuns no Ubuntu; você pode facilmente, e até acidentalmente, excluir drivers críticos, arquivos de configuração, etc., do Ubuntu.
Assim, colocar as instalações do sistema operacional em discos físicos separados faz muito pouco para protegê-los uns dos outros , a menos que você troque os discos fisicamente para inicializar cada sistema operacional - e isso apresente seus próprios riscos. (Uma carga estática poderia fritar um disco quando você os trocasse, por exemplo). A troca de discos também impossibilitará o compartilhamento de dados entre sistemas operacionais, exceto através de um terceiro disco, compartilhamento de rede, etc. Onde colocar os sistemas operacionais em discos separados pode ajudar (um pouco) está na configuração inicial; é menos provável que você limpe acidentalmente o SO A ao instalar o SO B se cada um tiver seu próprio disco e, portanto, não precisar redimensionar as partições do SO A.
Se você não precisar compartilhar o acesso aos mesmos arquivos, poderá restringir o acesso de cada sistema operacional aos arquivos dos outros, independentemente de onde cada sistema operacional esteja instalado. Restringir o acesso do Windows ao Ubuntu é fácil; O Windows não tem suporte para os sistemas de arquivos Linux, portanto, o Windows não acessará as partições do Ubuntu, a menos que você instale explicitamente os drivers do sistema de arquivos Linux no Windows. (Uma exceção é se você definir os códigos de tipo de partição incorretos, como era comum em discos GPT; mas isso é improvável em qualquer instalação moderna. Consulte esta página se você acha que pode estar se deparando com esse problema.) Para restringir o acesso do Ubuntu ao Windows, eu recomendo criar uma entrada /etc/fstab para a partição C: do Windows que não monta-o automaticamente ou monta-o somente para leitura no máximo. Consulte aqui para saber mais sobre como fazer isso.
Se você quiser compartilhar dados entre sistemas operacionais, é melhor criar uma partição separada para essa finalidade. Isso permitirá que você leia e grave essa partição de ambos os sistemas operacionais sem colocar em risco os arquivos principais dos sistemas operacionais. Você pode criar uma entrada /etc/fstab separada para cada partição (a partição C: do Windows e a partição de dados compartilhados) ou contar com a montagem automática para acessar a partição de dados compartilhados.
Em sua configuração de dois discos, não importa, de uma perspectiva lógica, qual disco mantém a partição de dados compartilhados. Você deve tomar essa decisão com base no espaço disponível e na velocidade do disco. Quantos dados você coloca na partição de dados compartilhados também é uma questão em aberto. Pode ser uma pequena partição na qual você armazena apenas um punhado de arquivos; ou você pode optar por colocar a maioria dos seus dados de usuário na partição compartilhada.
Uma grande advertência é que a conversão de sua configuração existente para uma com uma partição de dados compartilhada exigirá o redimensionamento de pelo menos uma outra partição. Você também pode acabar querendo ou precisando mover pelo menos uma outra partição. Essas operações podem ser demoradas e carregam algum risco. Portanto, se você puder consertar o problema principal da sua pergunta, talvez prefira deixar o layout da partição como está por enquanto e tenha isso em mente para a sua próxima instalação. OTOH, se você quiser reorganizar seu sistema de uma maneira importante, isso pode ser outro motivo para fazê-lo mais cedo ou mais tarde.