Qual versão do Intel Graphics Updater você fez o download? Existem dois mais recentes; v2.0.4 e v2.0.2 . Você quer estar usando v2.0.2 para o Ubuntu 16.04, então se você tiver baixado v2.0.4 que pode ser o seu problema.
Ov2.0.4 foi compilado para o Ubuntu 16.10, enquanto o v2.0.2 foi compilado para o Ubuntu 16.04. 16.04 não possui o pacote libpackagekit-glib2-18 em seus repositórios, então v2.0.2 é a última versão suportada para 16.04.