Eu tive o mesmo problema com o 2 GTX 1060 que estou usando o Ubuntu 16.04. Inicialmente eu tenho apenas 1, ele funciona apenas durante a instalação do sistema operacional. Depois de algumas instalações, funciona mesmo depois. Mas eu reinstalei o sistema operacional, para um problema de inicialização dupla, várias vezes e o GTX nunca funciona mais com o cabo de vídeo conectado a ele. Mas usar o onboard da GTX foi reconhecido e funcionando. Eu reinstalei o sistema operacional novamente, e então eu adicionei o outro GTX e ambos funcionam bem por algumas horas, mas não com o cabo de vídeo eu sempre uso o onboard. Então o sistema não vê nenhuma GPU. Então talvez reinstalar o SO possa resolver o problema. Você pode criar uma pequena partição e tentar instalar algumas vezes o Ubuntu, uma vez que os drivers nouveau funcionam (imediatamente após a instalação). No BIOS, você deve ter a saída de vídeo PCI Express (GPU) em vez da multimídia integrada e do IGPU habilitado. Agora eu reinstalei novamente o sistema com particionamento manual e funcionou, mas apenas com os drivers nouveau se eu usar a nvidia eu recebo uma tela preta com um sublinhado piscando e eu não posso fazer nada. Mas os programas não podem usar a GPU, embora sejam reconhecidos pelo sistema. E o outro não é nem reconhecido pelo sistema.