Eu tive esse problema de painel exato antes (com o do lado esquerdo). O problema é o tamanho do painel e o plano de fundo do painel.
Você deve ser capaz de clicar com o botão direito do mouse nesse painel (é apenas uma ... entidade ... por falta de uma palavra melhor) e excluir o painel como faria normalmente no LXDE.
Quanto ao painel superior, você pode resolver isso aumentando o tamanho desse painel clicando com o botão direito do mouse e editando também.