Se você estivesse construindo o sistema do zero, provavelmente usaria o método B, porque essa é a maneira correta de distribuir seu sistema de arquivos por vários dispositivos físicos. Então, se você pode fazer B, acho que é a abordagem mais sólida. Eu só usaria o método A se você estivesse planejando trocar cópias diferentes com freqüência, ou precisássemos de uma cópia para existir em dois lugares.