Executando o comando:
sudo update-grub2
... deve atualizar seu menu de inicialização, você já tentou isso após a atualização?
Eu atualizei o Ubuntu ontem (de 14. algo para 16.10 talvez :)). O problema que tenho agora é que eu tenho duas opções do Ubuntu no meu menu de inicialização. O Grub Customizer mostra o seguinte (na verdade, existem duas versões do Ubuntu ... é possível que o "upgrade" tenha realmente instalado uma nova versão e mantido o antigo também?): Grub Customizer
Executando o comando:
sudo update-grub2
... deve atualizar seu menu de inicialização, você já tentou isso após a atualização?