O Apt armazena registros de data e hora de ações concluídas. Diferente dos arquivos de bloqueio.
$ ls -l /var/lib/apt/periodic/
total 0
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 15 06:26 autoclean-stamp
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 20 22:20 download-upgradeable-stamp
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 21 20:06 unattended-upgrades-stamp
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 21 20:06 update-stamp
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 23 09:45 update-success-stamp
-rw-r--r-- 1 root root 0 Mar 21 20:06 upgrade-stamp
Você pode ver que a última atualização do upgrade (upgrade-stamp) foi concluída em 21 de março às 20:06. Se foi depois que você iniciou a atualização, ela foi concluída.
Se não, então verifique se o apt ainda está em execução:
$ ps -e | grep apt
31958 pts/2 00:00:00 apt
Nesse caso, o apt ainda está em execução. Deixe correr.
Se o apt e o dpkg NÃO estiverem rodando, provavelmente é seguro excluir o arquivo de trava.