Existe alguma diferença entre cp -r /source /destination e cp -a /source /destination quando estou copiando de NTFS para EXT4 ?
cp -a tenta fazer cópias o mais próximo possível da origem, incluindo metadados e informações de árvore.
cp -r recursivamente copia arquivos e mantém o conteúdo, mas rende ao usuário que faz a cópia para os horários de modificação, permissões e usuário.
Então, basicamente, use apenas cp -a , pois ele faz tudo que o cp -r faz e mais.
Faz diferença quando se trata de links que estão localizados no diretório de origem. cp -a copiará o link como um link. cp -r seguirá o link, portanto, se o link apontar para outro diretório, ele copiará o conteúdo do diretório vinculado, o que pode fazer um grande espaço de disco necessário quando o diretório vinculado contiver muitos dados.
cp -a também preservará permissões de arquivo, propriedade e registros de data e hora que cp -r não preserva. As permissões de arquivo serão diferentes, mesmo que você copie de uma partição formatada em NTFS.