Eu tenho visto a mesma coisa em um sistema, e é um pouco chato. Eu finalmente acidentalmente encontrei a resposta para o meu caso:
Foi o switcher do Compiz também capturando a combinação de teclas ALT - TAB juntamente com o switcher Unity.
Ele pode ser desativado instalando o Gerenciador de configurações do CompizConfig:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Eu o executei clicando no ícone Pesquisar e digitando:
CompizConfig
Em seguida, clique no ícone.
Clique em Window Manager → Application Switcher
e desative a tecla Next Window
.
Espero que isso ajude você também.