Eu não desmarcaria a opção de recuperação automática. Ele salvará seu bacon em algum momento se você tiver um congelamento do sistema ou falha de energia.
O aviso ocorre quando o salvamento de recuperação automática contém informações mais recentes do que o documento salvo. Eu também acho que os arquivos de recuperação devem ser deletados quando o libreoffice for encerrado corretamente.
Em termos de seu problema específico, vi isso no passado quando salvei e saí do aplicativo muito rapidamente. Agora salvei e aguarde 5 segundos antes de sair.
