Não há como iniciar um programa com uma prioridade não padrão. Você pode definir uma prioridade não padrão em programas executados em um usuário específico, ou mesmo em um grupo, mas isso provavelmente não é o que você deseja.
Um truque seria usar um alias:
alias myprioprogram='nice -10 myprogram'
Agora, se você executar myprioprogram , ele executará myprogram com prioridade mais baixa.