seahorse-ssh-askpass é um aplicativo de GUI simples que solicita a senha e a grava no stdout. É o comportamento pretendido. Não há nada quebrado sobre isso.
É invocado pelo gnome-keyring-daemon , pelo ssh ou o que lhe pedir uma senha.
Para armazenar a chave em gnome-keyring , abra o aplicativo Keys and password e adicione a chave lá.
O $SSH_AUTH_SOCK path /tmp/ssh-<some alpha-numeric sequence>/agent.[0-9]{4} diz que a conexão não é para o gnome-keyring , mas foi sobrescrita por ssh-agent durante a inicialização em alguns dos scripts. O gnome-keyring cria sockets de autenticação em /run/user/{UID}/keyring/ssh .
Então, o que você está realmente tentando descobrir é quem iniciou o ssh-agent em seus scripts bashrc , profile ou Xsession e por que, se você já tem o gnome-keyring em execução.