Bem, você pode tentar FoxitReader (eu uso diariamente sem problemas), eles oferecem uma versão gratuita com vários recursos.
Conforme descrito em seu site
% bl0ck_qu0te%Eu tentei curtir de 4 a 5 programas hoje e nenhum deles está funcionando.
Mendeley - tem a opção de exportar notas, mas na verdade não cria um arquivo (um bug)
Nixnote - não pode fazer anotações em PDF
Xournal - não é possível exportar notas como índice separado
Zotero - não pode fazer anotações em PDF
Visualizador de documentos - não pode fazer anotações em PDF
Bem, você pode tentar FoxitReader (eu uso diariamente sem problemas), eles oferecem uma versão gratuita com vários recursos.
Conforme descrito em seu site
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