Eu tive esse problema antes, e sem determinar a causa, foi capaz de corrigi-lo usando o Win32 Disk Imager, que pode ser baixado aqui link
Eu penso neste pedaço de software quase como se o dd fosse portado para o Windows e uma interface gráfica simples fosse colocada no topo. Alguém que tenha mais experiência em mídia inicializável pode ser capaz de dizer por que esse software tem maior probabilidade de funcionar do que outro software de unidade USB inicializável.