Para mudar o proprietário e o grupo de um arquivo / diretório (não-recursivamente) para root, você simplesmente digita
sudo chown root:root /PATH/TO/FILE_OR_DIRECTORY
Observe que chown deve ser executado com privilégios de root (portanto, o uso de sudo ).
Se é uma boa idéia, no seu caso, alterar o proprietário desse diretório para root ou não (ou qualquer outra coisa) depende de qual é o seu propósito e de quem usuário é 999, se existir.
Alguma luz sobre esta questão pode ser eliminada pela saída de
grep '^\w*:\w*:999' /etc/passwd